سید محمد خاتمی در پیامی درگذشت عطا افشاری را به فرزند وی تسلیت گفت. متن کامل این پیام بدین شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
فرزند عزیزم آقای سینا افشاری
درگذشت انسانی نجیب، فرهنگی و پرتلاش جناب آقای عطا افشاری که عمر کوتاهش را در خدمت آیین و فرهنگ و اخلاق و ایران صرف کرد، نه تنها دل پاک تو را داغدار و دردمند کرد، که همه دوستداران آن عزیز خصوصا اصحاب رسانه و فرهنگ را نیز ماتم زده کرد و من نیز با تو، مادر بزرگوار و شکیبایت و همه بازماندگان داغدار همدل و همداستانم.
امیدوارم روح آن عزیز را با تلاش علمی و فکری خود و طی مراحل اخلاق و ادب و دین و فرهنگ شاد کنی.
برای عزیزمان عطا افشاری از درگاه حضرت حق غفران و رحمت و برای همه بازماندگان معزز صبر و اجر و سلامتی طلب می کنم.
